1850 zum Priester geweiht, hat er den Wunsch  Missionar zu werden. Seine Gesundheit erlaubt es nicht.

Nach zwölf Jahren Seelsorge in seiner Heimatdiözese rechnet er mit einem nahen Tod. Er tritt bei den Trappisten ein in Mariawald in der Eifel (Deutschland).

Sein Ordensname: P. Franziskus. 

Gesundheitlich erholt kann er schon bald Aufbauarbeiten im Kloster  Tre Fontane bei Rom leisten.

Von dort aus reist er nach Bosnien,
um  eine Trappistenneugründung
zu beginnen, das Trappistenkloster
"Maria Stern" in Banja Luka.

1879 soll er als Abt von "Maria Stern" ernannt werden. Statt dessen folgt er der Bitte von Bischof Jolivet, der Mönche für Südafrika sucht.

"Wenn keiner geht, dann gehe ich!"

1880 erreicht er mit 30 Mönchen von
"Maria Stern" Südafrika und gründet 1882 das Trappistenkloster "Mariannhill",
dessen Abt er drei Jahre später (1885) wird. 

In dieses Jahr fällt auch die Gründung der Mariannhiller Missionsschwestern vom Kostbaren Blut. (Erste Generaloberin: Mutter M. Paula Edmunds CPS)

Die Spannung zwischen dem kontemplativen Leben der Mönche und
der Weitsicht des Abtes führen zu vielen Missverständnissen im Trappistenorden und Abt Franz wird 1892 von seinem Amt suspendiert.

1893 folgt die freiwillige Resignation von
Abt Franz und bald danach beginnt er ein
zurückgezogenes Leben auf der
Missionsstation Emmaus  in Südafrika.

Am 24. 05.1909 stirbt Abt Franz
Pfanner und wird auf dem Friedhof
von Mariannhill beigesetzt.

Bald nach seinem Tod wird Mariannhill
vom Trappistenorden getrennt und eine 
eigene Missionskongregation.

Das Werk von Abt Franz  Pfanner aber 
lebt weiter.